Las comunidades vegetales que dominan son las halófilas, especies tolerantes a la alta concentración de sal en el suelo, costeras y de saladares. En el interior la comunidad estrella es el tabaibal que da el color verde o gris de la vegetación de la isla según estemos en invierno o en verano.
La superficie es de 4,6 kilómetros cuadrados y tiene forma de cuadrilátero irregular, con tendencia a trapezoide, donde el ángulo menor está en el norte geográfico, curiosamente justo en la Punta de Martiño, donde está instalado el faro.
Geográficamente en Isla de Lobos destaca por encima de todo su gran cono volcánico llamado la Caldera de Lobos o La Montaña de Lobos (127 m.s.n.m). Está situado en el oeste insular y que se abre al norte dejando una playa en su interior, la playa de La Caldera o La Caleta del Palo.
El color marrón-rojizo de sus rocas volcánicas nos indica su relativa juventud, surgida en el Pleistoceno, iniciándose el proceso volcánico de la serie del Bayuyo en el norte de Fuerteventura hace 135.000 años aproximadamente y continuando la actividad volcánica hasta hace 10.000 años. Esa edad geológica se traduce en amplios campos de malpaíses poco evolucionados procedentes de las erupciones del cono volcánico de La Caldera de Lobos.
Si observamos que los fondos del estrecho de La Bocaina, brazo de mar que separa Lanzarote de Fuerteventura, son de escasa profundidad (con una media de 30 metros) y además, encontramos restos de erosión eólica; es decir, que el viento incidió sobre lo que es en la actualidad el fondo marino. Esto nos indica que ese fondo somero estuvo emergido sobre el nivel del mar algunos miles de años atrás. Podemos asegurar que Isla de Lobos, en otra época, formó parte de esa gran isla emergida que algunos geólogos llaman Mahan, que incluía un territorio continuo desde los islotes del norte de Lanzarote, la propia isla de Lanzarote, lo que actualmente es el estrecho de La Bocaina, Isla de Lobos y la isla de Fuerteventura. El estrecho de La Bocaina estaría emergido y la Isla de Lobos como un accidente geográfico en altura, ya que el nivel del mar estaría muy por debajo de lo que está en la actualidad (en torno a 18.000 años aproximadamente).
La Isla de Lobos es un territorio con tendencia a la planicie, pero continuamente la interrumpen múltiples montículos de pequeña dimensión; para algunos geólogos son antiguos hornitos. Es decir, pequeñas chimeneas de salida de material volcánico, lava y/o gases, fruto probablemente del contacto constante con el medio marino, que da esta singularidad territorial y geológica a la isla.
La cubierta volcánica de Lobos nos describe un territorio algo meteorizado que evoluciona a suelos arcillosos en su mayoría salinizados. La relativa juventud insular y la porosidad del material volcánico hacen que el agua del mar penetre filtrándose por el subsuelo y esté patente en toda la isla. Por eso, en cualquier depresión o vaguada encontramos restos de sal y especies vegetales halófilas.
Existen además lagunas aisladas que aparecen y desaparecen con las pleamares y las bajamares. Otras, en cambio, siguen los ciclos lunares, aumentando su superficie y nivel cada cuatro semanas y, por último, otras que se mantienen de forma continua en el tiempo. Son unos ecosistemas llamados saladares.
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